Hrabstwo McKenzie zajmuje powierzchnię całkowitą 7 409,67 km², z czego 7 101,80 km² to powierzchnia lądowa, a 307,87 km² (4,2%) to powierzchnia wodna. Hrabstwo McKenzie jest największym hrabstwem w Dakocie Północnej pod względem powierzchni całkowitej i powierzchni lądowej.
Według spisu ludności przeprowadzonego przez United States Census Bureau w 2000 roku, hrabstwo McKenzie miało 2 151 gospodarstw domowych, w których mieszkało 5 737 osób. Gęstość zaludnienia wynosiła 0,8 osób na km².