Klub powstał w 1999 w wyniku fuzji Ikast FS i Herning Fremad[1]. W pierwszym sezonie występował w 1. division, którą wygrał z wynikiem 76 punktów, więc wywalczył awans do Superligaen[2]. W następnym sezonie zajął 4. miejsce w pierwszej lidze duńskiej[3], a w kolejnym był trzeci[4]. W 2003 zespół po raz pierwszy awansował do finału Pucharu Danii, w którym przegrał 0:3 z Brøndby IF[5].
W 2004 ukończono budowę nowego stadionu, MCH Arena[1]. Pierwszy mecz zespół zagrał na nim 27 marca 2004 (6:0 z Akademisk BK, pięć bramek zdobył Mohamed Zidan[1][6]). W sezonie 2003/2004 Zidan wraz z trzema innymi zawodnikami został królem strzelców ligi duńskiej z wynikiem 19 goli[7]. W sezonach 2006/2007 oraz 2007/2008 klub zdobywał wicemistrzostwo Danii[4].
W 2014 właścicielem klubu został Matthew Benham, założyciel firmy specjalizującej się w analizowaniu piłkarzy oraz ich występów. Na podstawie tych analiz wybierani są nowi zawodnicy Midtjylland[1]. Od tej pory klub zaczął odnosić sukcesy – w 2015 po raz pierwszy wywalczył mistrzostwo Danii z przewagą czterech punktów nad FC København[1]. W sezonie 2015/2016 wywalczył awans do fazy grupowej Ligi Europy, w której zajął 2. pozycję, a w 1/16 finału trafił na Manchester United, z którym przegrał w dwumeczu[8].
W sezonie 2017/2018 Midtjylland ponownie zdobył mistrzostwo kraju. Sezon później wygrał po raz pierwszy rozgrywki Pucharu Danii, pokonując po rzutach karnych Brøndby. W sezonie 2019/2020 wywalczył trzecie mistrzostwo Danii[1], a w kolejnym awansował do fazy grupowej Ligi Mistrzów. W grupie z Ajaxem, Atalantą i Liverpoolem zajął 4. miejsce[9].
15 sierpnia 2023 poinformowano o przejęciu większościowego pakietu akcji klubu przez jednego z najbogatszych Duńczyków, Andersa Holch Povlsena notowanego przez magazyn "Forbes" na 312. miejscu wśród najbogatszych ludzi świata[10]. W 2024 Midtjylland zdobył czwarte mistrzostwo Danii[1].
Sukcesy
Trofea międzynarodowe
Zdobyte trofea w rozgrywkach międzynarodowych(stan na: 01-07-2023)
