Był piątym dzieckiem Petyra i Iwanki Kowaczewów. Po śmierci męża jego matka została mniszką[1]. Wychowywał się w Plisce, w 1968 rozpoczął naukę w seminarium duchownym w Sofii[1]. 21 lipca 1971[2] lub 1972[1] złożył wieczyste śluby mnisze, przyjmując imię zakonne Cyryl. 17 grudnia 1972 został wyświęcony na hierodiakona. W 1974 ukończył naukę i wstąpił jako posłusznik do Monasteru Rilskiego. Musiał jednak odejść z klasztoru w celu odbycia służby wojskowej[1]. Na kapłana wyświęcił go 14 listopada 1976 biskup branicki Gerazym[1].
Był zwolennikiem wprowadzenia obowiązkowych kwot zapewniających udział duchowieństwa w pracach parlamentu Bułgarii oraz w radach miejskich[3].
9 grudnia 2011 zwrócił się do Synodu Bułgarskiego Kościoła Prawosławnego z prośbą o przeniesienie w stan spoczynku. Swoją prośbę umotywował niezadowoleniem z ostatnich działań Synodu. Jak podkreślały media prawosławne, do złożenia rezygnacji doszło wkrótce po tym, gdy skandal w Bułgarii wywołał fakt publicznego pokazania się metropolity Cyryla w samochodzie Lincoln MKZ[4][5]. Metropolita nie odszedł jednak z urzędu[6].
W styczniu 2012 komisja badająca archiwa tajnych służb komunistycznej Bułgarii podała, że Cyryl (Kowaczew) był agentem KDS o pseudonimie Władisław[7].
Po śmierci patriarchy bułgarskiego Maksyma w listopadzie 2012 został locum tenens Bułgarskiego Kościoła Prawosławnego oraz locum tenensmetropolii sofijskiej[8]. Pełnienie tych obowiązków zakończył po wyborze nowego patriarchy, Neofita, 24 lutego 2013[9].
W dniu 9 lipca 2013 został znaleziony martwy na plaży niedaleko Warny[10]. Przyczyną śmierci było utonięcie[11].
