W latach 1979–1985 studiował filozofię na Uniwersytecie Warszawskim. Po studiach w latach 1986–1998 pracował w Instytucie Filozofii i Socjologii PAN w Katedrze Filozofii Współczesnej, kierowanej przez Barbarę Skargę, następnie przez Stanisława Borzyma (od 1996 – samodzielna pracownia badawcza). Członek Collegium Invisibile[3].
W latach 1987–1990 był redaktorem naczelnym czasopisma Aletheia. W 1989 obronił doktoratWiedza i zbawienie. Studium myśli Lwa Szestowa pod kierunkiem Barbary Skargi. Habilitował się w 1994 pracą Heidegger i problem zła, która została nagrodzona przez Prezesa Rady Ministrów. W 1999 uzyskał tytuł profesora nauk humanistycznych.
Od 1999 profesor zwyczajny w IFiS PAN. W latach 2001–2011 profesor zwyczajny w Instytucie Kultury Uniwersytetu Jagiellońskiego. Od 2011 profesor zwyczajny w Kolegium Artes Liberales Uniwersytetu Warszawskiego oraz Przewodniczący Rady Fundacji na Rzecz Myślenia im. Barbary Skargi[4].
Wiedza i zbawienie. Studium myśli Lwa Szestowa, Warszawa 1991
I cóż po filozofie… Eseje filozoficzne, Warszawa 1992
Filozofia jako sztuka myślenia. Zachęta dla licealistów, Warszawa 1993
Heidegger i problem zła, Warszawa 1994
Hermes i Eros. Eseje drugie, Warszawa 1997
Wielkie Wędrowanie, Warszawa 1998
Światłocienie zła, Warszawa 1998
Pan Sokrates. Eseje trzecie, Warszawa 2000
Św. Idiota. Projekt antropologii apofatycznej, Gdańsk 2000
Filozofia jako sztuka myślenia, Warszawa 2000 (2 wyd. rozszerzone)
Swietijat idiot. Projekt za apofaticzna antropołogija, Sofija 2004
Trans, Dostojewski, Rosja, czyli o filozofowaniu siekierą, Gdańsk 2005 – nominacja do Nagrody Literackiej Gdynia 2006[9]
Nic po ironii. Eseje czwarte, Warszawa 2006
Między anegdotą a doświadczeniem, Gdańsk 2007
Heidegger i problem zła, Gdańsk 2007 (2 wyd.)
Logo nieśmiertelności. Platona przypisy do Sokratesa, Gdańsk 2008 – nominacja do Nagrody Literackiej Gdynia 2009[10]
Kairos. Konferencja w Todtnaubergu, Celan – Heidegger, Gdańsk 2010
Esseje pierwsze, Gdańsk 2014
Metafizyka i metapolityka. Czarne zeszyty Heideggera, Gdańsk 2016
Upamiętnienie
W 2017 roku staraniem wydawnictwa Słowo/Obraz Terytoria ukazała się książka Piotra Augustyniaka, Trans. Filozofia Cezarego Wodzińskiego[11], zaś w 2019 roku nakładem Wydawnictwa Instytutu Filozofii i Socjologii PAN ukazała się książka Cezary Wodziński in memoriam pod redakcją Walerii Szydłowskiej[12].