Przez niemal cały okres istnienia sułtanatu toczył on nieustanne wojny o hegemonię nad Dekanem zarówno z sąsiednimi państwami muzułmańskimi (Ahmadnagarem, Berarem, Bidarem i Golkondą), jak i położonym na południu hinduskim Imperium Widźajanagaru. Gdy w XVI wieku Widźajanagar osiągnął szczyt potęgi i narzucił Bidźapurowi swe zwierzchnictwo sułtanaty zawarły koalicję i w 1565 rozgromiły siły hinduskiego królestwa w wielkiej bitwie pod Talikotą i złupiły potężną stolicę imperium. Od tej pory Widźajanagar przestał zagrażać Bidźapurowi, a bogate łupy zdobyte w hinduskim królestwie pozwoliły uświetnić bidźapurską stolicę. Następne kilkadziesiąt lat to okres największego rozkwitu sułtanatu. Jednak politycznie położenie państwa wiele się nie zmieniło. Zwycięska koalicja szybko się rozpadła i rywalizujące ze sobą państwa muzułmańskie nadal toczyły zaciekłe wojny. Ich kresu nie położyło nawet nowe zagrożenie, jakie pojawiło się z północy, gdy Dekan postanowili podbić Mogołowie. W II połowie XVII wieku dodatkowo ziemie Bidźapuru zaczęły najeżdżać armie nowo powstałego państwa Marathów. Sułtanaty nie zdołały przezwyciężyć animozji i nie zjednoczyły się przeciw silniejszemu wrogowi. Bidźapur nawet wysłał Mogołom posiłki podczas ich podboju sąsiedniego Ahmadnagaru. Niedługo później sam padł ofiarą agresji mogolskiej – Aurangzeb zdobył stolicę kładąc kres państwu w 1686 roku.