Ze strony ojca – Christiana Fredericka Böcklina, który zajmował się handlem jedwabiem, pochodził ze starej rodziny z Szafuzy; matką była Ursula Lippe, mieszkanka Bazylei.
W latach 1841–1847 młody Böcklin odbył studia w Akademii Sztuk Pięknych w Düsseldorfie jako uczeń pejzażysty J.W. Schirmera. W ich trakcie odbywał podróże studyjne do Brukseli, Antwerpii, Genewy (kształcąc się u A. Calame'a)[1] i Paryża (gdzie pracował w Luwrze), by w 1848 znaleźć się w Rzymie, gdzie nastąpiło pierwsze zetknięcie z kulturą antyczną, silnie inspirujące go na przyszłość. Zawarł tam również związek małżeński z Angelą Pascucci, będącą modelką dla wielu jego przedstawień[2]. W latach 1856–1860 przebywał w Monachium; w 1860 wykonywał prace malarskie na zlecenie akademii w Weimarze, gdzie przejściowo wykładał[3]. W dwa lata później nastąpił ponowny kilkuletni pobyt we Włoszech (1862-1866), gdy poza Rzymem artysta poznał także Neapol i pobliskie Pompeje. Zawarł tam również cenną znajomość z monachijskim mecenasem sztuki, hr. A.F. von Schack[1]. Po powrocie do rodzinnej Bazylei, przez dalsze lata (1871-1874) zamieszkiwał w Monachium, a następnie na dziesięciolecie przeniósł się do Florencji. Lata 1885-1892 spędził w Hottingen pod Zurychem; od 1892 mieszkał w Fiesole[4].
We wczesnym okresie (1840-1860) malował w nurcie romantyzmu nastrojowe pejzaże o przytłumionym kolorycie (często leśne) z Alp szwajcarskich, a później rozjaśnione kolorystycznie pejzaże włoskie. Po pobycie we Włoszech przeszedł do tworzenia charakterystycznych dla niego przedstawień fantastyczno-mitologicznych (Pan w sitowiu, 1858; Narodziny Wenus, 1869), nacechowanych swoistą symboliką (alegorie, parabole), czasem też niejednoznaczną (W leśnej ciszy, 1885). Jego dojrzała twórczość (zwłaszcza po 1870) wywarła znaczący wpływ na rozwój europejskiego symbolizmu[6].
Poczynając od wczesnego okresu (Pejzaż z zamkową ruiną, 1847; Pejzaż w świetle księżyca, 1849) Böcklin z upodobaniem malował głównie mroczne, fantastyczne pejzaże przeniknięte niesamowitą senną atmosferą i otoczone aurą tajemniczości (Wyspa umarłych i Ruina nad morzem, 1880; Willa nad morzem, 1864; Kaplica, 1898).
W tematyce mitologicznej, w której poruszał się nie mając wykształcenia klasycznego, tworzył krajobrazowe kompozycje fantastycznie wypełnione mitycznymi stworami (bożek Pan, centaury, nimfy, fauny, najady, trytony), a nawet współczesne sceny rodzajowe z ich udziałem (Centaur w wiejskiej kuźni, Pan płoszący pasterza). Częstym ujęciem są „morskie idylle” z przedstawieniem tych stworów igrających wśród fal i skał, o groteskowych pozach, wyrazie twarzy i gestach, nacechowanych przy tym zwierzęcą witalnością i swoistym seksualizmem[7]. Cechy groteski przejawiają jednak również tradycyjne wyobrażenia (Orland szalony, Polowanie Diany, Pan świstający z kosem).
Podczas wieloletniego pobytu we Florencji w latach 1874-1885 powstały liczne sceny religijne (Złożenie do grobu, Bóg Ojciec ukazujący raj Adamowi, Pustelnik). Böcklin był również portrecistą i twórcą kompozycji ściennych. W końcowym okresie tworzenia jego symbolizm zwrócił się ku tematom apokaliptycznym: wojny, zarazy i śmierci.
Obok Hodlera, Klingera i Corintha uważany jest za jednego głównych przedstawicieli niemieckiego symbolizmu, który w europejskim malarstwie przerwał dominację akademizmu i naturalizmu z drugiej połowy XIX stulecia. Stylistyka jego obrazów całkowicie różni się od przesadnego i niespokojnego symbolizmu francuskiego, łącząc wątki mitologiczne z rzeczywistymi elementami przeszłości w otoczce wieloznacznych aluzji. W intencji artysty obraz miał w swej narracji wywoływać wzruszenia jak utwór poetycki i pozostawiać wrażenie podobne utworowi muzycznemu[4]. Pod jego wpływem symbolizm w swej twórczości rozwinął Hans Thoma.