Archiwum w Elblągu utworzono w 1950, jako oddział powiatowy Wojewódzkiego Archiwum Państwowego w Gdańsku. Archiwum rozpoczęło działalność we wrześniu 1950, którego teren objął powiaty: elbląski, kwidzyński, malborski i sztumski, wchodzące w skład ówczesnego województwa gdańskiego. Archiwum otrzymało siedzibę w budynku przy ul. Łączności, pierwszym jego kierownikiem został Władysław Rusinowski. Działalność archiwum polegała na zabezpieczaniu akt poniemieckich urzędów i instytucji, pod kierunkiem dyrektora archiwum gdańskiego Marcina Dragana[2].
W 1951 archiwum zostało przemianowane na Powiatowe Archiwum Państwowe. Z powodu zwiększonego zasobu 8 marca 1952, archiwum zostało przeniesione, do pomieszczeń na zamku w Malborku. W grudniu 1954 powołano Powiatowe Archiwum Państwowe w Elblągu, którego teren ograniczono do powiatów: malborskiego, kwidzyńskiego i sztumskiego. W 1959 przy archiwum utworzono Centralną Składnicę Akt, w której czasowo przechowywano akta, z innych archiwów. W 1973 archiwum przejęło teren powiatu tczewskiego, po zlikwidowanym Archiwum Powiatowym w Tczewie[2].
Na mocy ustawy z 28 maja 1975, zostało utworzone województwo elbląskie. 1 lutego 1976 roku, zarządzeniem Ministra Nauki, Szkolnictwa Wyższego i Techniki, powołano Wojewódzkie Archiwum Państwowe w Elblągu z siedzibą w Malborku, które objęło teren województwa elbląskiego. W 1983 roku archiwum przemianowano na Archiwum Państwowe w Elblągu z siedzibą w Malborku. W 1999, po reformie administracyjnej, teren województwa elbląskiego, został podzielony, pomiędzy województwo pomorskie i województwo warmińsko-mazurskie. Teren archiwum obejmuje powiaty: elbląski, kwidzyński, malborski, nowodworski, sztumski, braniewski, część iławskiego (gminy Kisielice i Susz) i lidzbarskiego (gmina Orneta). Archiwum obecnie zajmuje część pomieszczeń przyziemia i piwnic Pałacu Wielkich Mistrzów, w skrzydle północno-zachodnim, Zamku Średniego[2].
Do 31 grudnia 2017 funkcjonowało jako Archiwum Państwowe w Elblągu z siedzibą w Malborku[5].
