Decyzję o budowie nowej siedziby przy ulicy Rakowickiej w Krakowie została podjęta w 2013 roku[3]. Działkę pod budowę pozyskano od Agencji Mienia Wojskowego[4]. Kamień węgielny został wmurowany 8 czerwca 2018 roku[5]. Budynek został przez wykonawców przekazany 29 maja 2020 roku. Po wyposażeniu go przeniesiono zbiory z ekspozytury w Spytkowicach i 5 lokalizacji w Krakowie. Inauguracja nowej siedziby miała miejsce 30 września 2020 roku[3]. Nowa siedziba archiwum o powierzchni 14 000 m² składa się z 2 segmentów: magazynowego i biurowego[6].
W Krakowie znajduje się Centrala Archiwum w Krakowie i oddziały:
Oddział I – akt staropolskich grodzkich i ziemskich, archiwów rodów i rodzin, kolekcji i zbiorów (do 2020 roku Wawel 5, obecnie Rakowicka 22E)[7]
Oddział II – akt administracji państwowej ogólnej i specjalnej, sądownictwa z XIX i XX w. ( do 2020 roku ul. Grodzka 52, obecnie Rakowicka 22E)[7]
Oddział III – akt miasta Krakowa, samorządu terytorialnego, wyznaniowych, szkół i organizacji społecznych, (do 2020 roku ul. Sienna 16, obecnie Rakowicka 22E)[7]
Oddział IV – akt najnowszych wytworzonych po 1945 roku oraz akt jednostek gospodarczych z XIX i XX w., (do 2020 roku ul. Orzeszkowej 7, obecnie Rakowicka 22E)[7]
Oddział V – materiałów kartograficznych i dokumentacji technicznej, (do 2020 roku ul. Lubicz 25 b, obecnie Rakowicka 22E)
Oddział VI – nadzoru nad narastającym zasobem archiwalnym, ( do 2020 roku ul. Grodzka 52, obecnie Rakowicka 22E)[7]
Oddział VII – ds. organizacyjnych i administracyjnych,(do 2020 roku ul.Sienna 16, obecnie Rakowicka 22E)[7]
Oddział VIII – konserwacji i zabezpieczania zasobu archiwalnego, (do 2020 roku ul. Lubicz 25 b, obecnie Rakowicka 22E)[7]
Obecnie krakowskie Archiwum posiada także 3 oddziały zamiejscowe oraz 2 ekspozytury:
↑Rozporządzenie Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego z dnia 5 grudnia 2012 r. w sprawie zmiany nazwy oraz określenia zakresu działania Archiwum Państwowego w Krakowie (Dz.U. z 2012 r. poz. 1410).
Aniela Kiełbicka, „Archiwum Państwowe w Krakowie 1951–1980”, Warszawa-Łódź 1989, ISBN 83-01-08832-X.
Aniela Kiełbicka, „Archiwa krakowskie na tle polskiej nauki historycznej 1878–1951”, Kraków 1993, Biblioteka Krakowska nr 130, ISBN 83-85483-43-8, PL ISSN 0067-7698.
Kamila Follprecht „Nie dać ginąć szczątkom dawnych piśmienniczych pamiątek”. Dyrektorzy Archiwum Państwowego w Krakowie XIX-XXI w.”, Kraków 2008, ISBN 978-83-906630-6-7.