William Lee, eldst av fem barn av John og Delia Lee i Newport, fikk skolegang på et lokalt kloster, Boys' National Schools og deretter Rockwell College. Lee studerte katolsk teologi og filosofi ved St. Patrick's College i Maynooth.
Prest
Den 19. juni 1966 ble Lee ordinert til prest for erkebispedømmet Cashel og Emly. Deretter studerte han kirkerett i Maynooth og tok doktorgraden i 1969.
I 1969 ble han utnevnt til sogneprest i sognet Finglas West i erkebispedømmet Dublin, hvor han tjenestegjorde i to år. Etter å ha arbeidet i Dublin og hatt et kort opphold i Roma, hvor Lee studerte ved Det pavelige gregorianske universitet, ble han utnevnt til kansler og professor i filosofi ved Mary Immaculate College - St Patrick's College i Thurles, hvorav han var president fra 1987 til 1993.
Han var formann for bispedømmerådet for katolske ekteskap og medlem av det første nasjonale styre for det katolske ekteskapsrådgivningsrådet i Irland, samt medlem av den regionale ekteskapsdomstolen i Cork.[2]