Werner Schäfer var født i Strasbourg og flyttet til Berlin i 1919. I 1926 ble han sivil tjenestemann i det lokale politiet i Berlin. Senere gikk han på politiskolen i Berlin-Brandenburg og ble politikonstabel i Berlin sentrum (Berlin-Mitte). 1. september 1928 sluttet han i Politiet på grunn av sin personlige overbevisning og begynte å arbeide i bank. Et par måneder senere ble han medlem av NSDAP. Fra oktober 1932 til mars 1933 var han arbeidsledig bortsett fra en jobb som avisbud for naziavisen ”der Angriff”. I januar 1932 ble han medlem av SA hvor han omsider nådde graden Oberführer (tilsvarer Oberst i Wehrmacht). I 1933 ble han leder for konsentrasjonsleiren Oranienburg. Denne ledet han frem til leiren ble lagt ned i mars 1934. Senere i 1934 tok han over ledelsen for konsentrasjonsleiren Börgermoor i Emsland, hvor han ble til mai 1942 hvor han deltok i krigstjeneste. Han fikk graden Oberführer
Schäfer ble etter krigen internert i Neuengamme. Han ble i 1951 dømt til fire års fengsel for mishandling av fanger. Denne dommen ble anket og i 1953 redusert til to og et halvt års fengsel. Den lave straffen ble ansatt som en skandale.[3]
