Waushara County er et fylke i den amerikanske delstaten Wisconsin. Det ligger i de sentrale delene av staten og grenser mot Portage County i nord, Waupaca County i nordøst, Winnebago County i øst, Green Lake County og Marquette County i sør og mot Adams County i vest.
Waushara Countys totale areal er 1 651 km² hvorav 29 km² er vann. I 2000 hadde fylket 23 154 innbyggere og administrasjonssenteret ligger i byen Wautoma.
Fylket ble grunnlagt 1852[1] og har fått sitt navn etter et indiansk ord som betyr god jord.
