Jefferson County er et fylke i den amerikanske delstaten Wisconsin. Det ligger i de sørøstlige delene av staten og grenser mot Dodge County i nord, Waukesha County i øst, Walworth County i sørøst, Rock County i sørvest og mot Dane County i vest.
Jefferson Countys totale areal er 1 509 km² hvorav 67 km² er vann. I 2000 hadde fylket 74 021 innbyggere og administrasjonssenteret ligger i byen Jefferson.
Fylket har fått sitt navn etter USAs tredje president, Thomas Jefferson.
