Vitenskapsåret 1599 er en oversikt over hendelser, prisvinnere, fødte og avdøde personer med tilknytning til vitenskap i 1599.

• 31. januar – Under måneformørkelsen oppdager Tycho Brahe at teorien hans om Månens bevegelse er feil, siden formørkelsen begynte 24 minutter tidligere enn beregnet. Han forbedrer teorien sin.
• 14. juni – Tycho forlater Wittenberg og flytter til Böhmen der han får opphold på slottet Benátky, nylig kjøpt av keiser Rudolf II.
• 22. juli – Tycho observerer solformørkelsen fra Praha.

• Simon Stevin : «De Havenvinding» (Posisjonsbestemmelse på havet). Universitetet i Leiden.
• Edward Wright : Første utgave av «Certaine errors of navigation corrected», 2. utgave 1610. London.

• Ulisse Aldrovandi får publisert verket «Ornithologiae hoc est de avibus», med beskrivelse av fugler.^[1][2] Den første boken i en lang rekke illustrerte verk. Bologna.

• «Accademia dei Ricovrati» blir opprettet i Padova. Ett av medlemmene var Galileo Galilei.

• Carlo Antonio Manzini, italiensk astronom og matematiker (død 1677 eller 1678).

• august – Cornelis de Houtman, Nederlandsk oppdager (født 1565).
• 7. november – Gasparo Tagliacozzi, kirurg fra Bologna (født 1546).
• Ukjent dato − Peder Jacobsen Flemløse, dansk astronom (født 1554).^[3]