Han var kansler for den romerske kirke og senere kardinal, som kardinaldiakon med tittelkirkenSanta Maria in Domnica. For en tid var han pavelig legat i Konstantinopel, og var med pave Leo IX i dennes ulykksalige felttog mot normannerne. For en periode ble han tvunget i landsflyktighet under keiser Henrik II.
Han valgte navnet Stefan etter den hellige pave Stefan I, hvis liturgiske minnedag var den 2. august, samme dagen han selv ble valgt til pave.
[3]
I sitt korte pontifikat fortsatte han sin tidligere mentor Leo IXs arbeid for kirkelige reformer, som sølibatet og forbudet mot simoni. Han forsøkte også å få sin bror valgt til tysk-romersk keiser, men ble rammet av sykdom, som han bare delvis og midlertidig kom seg etter. Han planla også et felttog mot normannerne for å f¨å fordrevet dem it av Italia.
Han døde i Firenze, og ble gravlagt i byens domkirke Santa Reparata, som senere ble overbygd av den nåværende domkirke Santa Maria del Fiore.
På dødsleiet hadde han bestemt at man ikke måtte innlede det påfølgende pavevalg innen Hildebrand (senere pave Gregor VII) var rukket å komme tilbake fra sin reise til Tyskland.
