Skanør Borg var et dansk slott som lå i middelalderens Skanør i Skåne. Nord for Skanør kirke ses rester av borgen ennå.
Borgen hadde en nesten oval form, omgitt av voller og vanngrav. Arkeologer har avdekket rester av et 16 meter langt stenhus i tillegg til diverse andre bygninger. Funn av mynter antyder at borgen er oppført omkring år 1230.[2]
Skanør ble oppført for å kontrollere handelen på Skånemarkedet. Kongens fogd oppholdt seg her og oppkrevde avgifter fra handelen.
Sildemarkedet på Skanør og Falsterbo var sammen med Øresundstollen Danmarks største innkomstkilde i senmiddelalderen. I 1312 overtok tyskerne, hvoretter det nærliggende Falsterbohus ble oppført. Den kongelige administrasjonen fra Skanør opphørte helt omkring 1425.
