Han var sønn av kjøpmann Johan Mortensen og hustru Susanne Jacobsen. Han giftet seg med Josephine Effersøe, søster til sysselmann og landstingsmann Oliver Effersøe og dikter R.C. Effersøe.[1] Blant Niels Juel og Josephine Mortensens barn var sakfører, kontorsjef og lagtingsmann Edward Mitens (født Mortensen), hvis sønn var dommer Ole Mitens.
Da familiens virksomheter på Tvøroyri ble omdannet til aksjeselskapet J. Mortensens Eftf. i 1889, ble Niels Juel Mortensen handelsbestyrer og medeier sammen med to brødre. Han trådte ut av selskapet og etablerte sin egen kjøpmannsforretning og fiskebåtrederi under navnet N.J. Mortensen på Tvøroyri i 1911. Firmaet kom velberget igjennom den første verdenskrigs virkninger for Færøyene, og i 1918 hadde det 18 fartøyer og filialer i Vágur, Hov, Hvalba, Vestmanna og på Viðareiði, og eksporterte klippfisk til Danmark, Spania og England.[2][3][4][5] Han hadde også et ry som «alltid forhandlingsvennlig» overfor fiskerne.[6]
Mortensen var innvalgt på Lagtinget fra Suðuroy 1901–1905[7] og formann i sognekommunestyret i Froðba fra 1910. Mortensen var også tillitsmann i Færø Amts Sparekasse, formann i Suderø Fiskeriforsikring og direktør i AS Færøernes Ophalingsbeding og oppnevnt som medlem av den danske fiskerikommisjonen.[4][5]
Mortensen slet de siste årene med åreforkalkning, som han gjennomgikk kuropphold i Silkeborg for. I 1929 døde han av hjerneblødning før hjemreisen fra København.[4][8] Han ble begravet fra Tvøroyrar kirkja.[9]
