Kong Sverre dør den 9. mars 1202 og Margareta trekker seg tilbake til sine eiendommer i Vestergøtland og Värmland. Hun hadde kun en datter, Kristin Sverresdatter, fra sitt ekteskap med kong Sverre som må bli i Norge mot hennes vilje.
Den 1. januar 1204, to dager etter at hun har kommet tilbake til Norge døde hennes stesønn kong Håkon Sverresson med klare symptomer av forgiftning. Margareta blir mistenkt for forbrytelsen. For å bevise hennes uskyld lar hun en av sine tjenere bære jernbyrd, det vil si gå med glødende jern. Det slår særdeles uheldig ut. Mannen blir sterkt forbrent og kongens menn drukner den uheldige mannen mens Margareta selv flykter i all hast til Sverige.
Margareta er likevel tilbake i Norge i 1209 når hennes datter Kristin blir gift med Filip Simonsson, sønn av en biskop, som ble et kongsemne i 1207 når Erling Magnusson Steinvegg dør. I striden som fulgte ble riket delt i tre, og som del av et forlik skulle Filip få Opplandene og en del av Viken, men ikke kongsnavn. Derimot ble han tilbudt Kristin som ektefelle. Kristin dør i barsel etter å ha født deres første barn som også dør. Filip dør i 1217. Selv døde Margareta kort tid etter at datteren var blitt giftet bort.
