Siden Magnus hadde støttet Otto II av Bayerns opprør mot Henrik IV ble han tatt til fange i 1070, og satt fanget i tre år. Han ble på nytt tatt til fange av Henrik IV i 1075, og denne gangen ble han frigitt året etter. Etterhvert kom en forsoning i stand mellom Henrik IV og Magnus, og stod Magnus på Henriks side under kampene mot liutieserne. Huset Billungs herredømme over Sachsen endte i 1106 da Magnus døde uten å etterlate seg mannlige arvinger.
I sin tid som hertug var Magnus i strid med erkebiskopAdalbert av Bremen. Før Magnus ble hertug drev han gjennom hans avsettelse i 1066 fordi erkebiskopen hadde utnyttet sin herskermakt til å berike kirken med krongods. Adalbert kom senere tilbake, og Magnus ble hans vasall.[4]
Magnus var gift med Sophia av Ungarn (-1095), datter av kong Béla I av Ungarn, enke etter Ulrich I av Weimar, markgreve av Istria, og med henne hadde han barna:
Magnus hadde mange etterkommere, bl.a. i fyrstehuset Oldenburg, og Oldenburgernes anerekke tilbake til sagatidens norske konger går gjennom Magnus og mora Ulvhild.[3][5]
