Sandoval stammet fra en stor familie med tolv barn.
Hans familie var svært from og ga ly til mange prester som ble tvunget i skjul under forfølgelsene i Mexico.[trenger referanse] Han vokste opp i en søskenflokk på tolv. Både han og hans eldre bror José begynte på gutteseminaret i Guadalajara, Juan allerede som 12-åring i 1945 etter å ha fullført den obligatoriske utdannelsen på instituttet «Amado Nervo» i Yahualica. Hans bror José ble misjonærprest og virket i mange år i Sør-Korea og i Peru.
Sandoval avanserte så til det regulære presteseminar, som lå i Guadalajara. Etter en tid der ble han sendt til Roma.
Prest
Sandoval studerte til prest i Mexico og i Roma og ble ordinert i Roma i 26. oktober 1957 av kardinal Antonio Samorè. I 1961 kom han tilbake til Mexico og ble satt til å virke i presteseminaret der, først som dosent og senere som rektor.
Hans forgjenger, kardinal Juan Jesus Posadas Ocampo, var blitt myrdet året før, utenfor flyplassen i Guadalajara. I 2002 fortalte kardinal Sandoval at han hadde mottatt dødstrusler fordi han ville gjenåpne etterforskningen av mordet på sin forgjenger.