Ján Bukovský sluttet seg til Steylermisjonærene i Nitra. På grunn av politisk forfølgelse i hjemlandet flyttet han etter å ha studert filosofi til USA i 1947 og fullførte sine teologiske studier der. Under studietiden ble han beordret til å reise hjem etter at det nye kommunistiske regimet i Tsjekkoslovakeia tilbakekalte hans passm men i stedet kunne han med hjelp fra Chicagos borgermester Richard J. Daley gjeninnreise til USA fra Canada som lovlig innvandrer.
Prest
Den 3. desember 1950 ble han ordinert til prest i Techny, sentrum for de amerikanske Steylermisjonærene, nær Chicago. Han var først i sjelesorgen og tok også lisensiat i teologi i 1952 fra Catholic University of America i Washington D.C.
Fra 1952 til 1954 var han professor i Hellig Skrift ved ordenens seminar i Techny; han ble ansett som en ekspert på greske og hebraiske oversettelser. Fra 1954 til 1956 studerte han eksegese ved Det pavelige Bibelinstitutt. Han arbeidet med forskning og undervisning i Techny til 1967. I 1967 ble han rektor for ordenskollegiet i Techny og ble kort tid etter utnevnt til ordenens generalkapittel i Roma.
Fra 1968 var han rådgiver for Den hellige stol vedrørende dets forhold til Tsjekkoslovakia, og fra 1973 arbeidet han i Den hellige stols Statssekretariat for forholdet til Tsjekkoslovakia, Romania, Bulgaria og Albania. Han samarbeidet spesielt med Agostino Casaroli og Luigi Poggi, som senere ble kreert til kardinaler, og fulgte ofte begge til Romania på 1970-tallet og andre østeuropeiske land som da ble styrt av kommunister.[4]
Sommeren 1977 sendte Vatikanet ham til Tsjekkoslovakia for å utforske situasjonen i samtale med undergrunnsbiskopen Felix Maria Davídek, som også hadde ordinert kvinner contra legem og i hemmelighet til prester der. Han ble overrasket da han møtte Ludmila Javorová: «Jeg ble veldig overrasket over å bli møtt av hans kvinnelige generalvikar, kledd i hvitt med et kors.» På den tiden så han på disse kvinnenes ordinasjoner som gyldige, men ulovlige (valide, sed illicite); Vatikanet ble fullstendig informert om dette..[5]
Pave Johannes Paul II innvilget hans aldersrelaterte avskjed med virkning fra 29. januar 2000. Hans etterfølger i Moskva ble erkebiskop Giorgio Zur.[6]
