Fra 1909 til 1922 var Kõpp prest i Laiuse. Da Estland erklærte seg som en uavhengig stat i 1918, engasjerte han seg i politikken, og var en av delegatene på Asutav Kogu, den estiske grunnlovsforsamlingen. Han hadde også andre viktige verv i estisk politikk.
Kõpp var den ledende teologen i Estland i mellomkrigstiden. Han var professor i teologi ved Universitetet i Tartu fra 1916 til 1939 og fra 1941 til 1944. I perioder var han også rektor og prorektor. Han var leder for det estiske litteraturselskapet og nestleder i estiske lærdes selskap. Han var også en aktiv historiker og hadde diverse andre verv.
Elencus bibliographichus Johannis Kõpp: Charasteria Johanni Kõpp octogenario oblata. (Papers of the Estonian theologcal society in exil 7.) Holmiæ & Uppsala 1954, s. 297-304.