Sørenden av Gapøya var tidligere bebodd, men øya er nå fraflyttet. Nord for Gapøya ligger Gapøyholman; Storholmen og noen mindre holmer. Størstedelen av Gapøya er i dag vernet som naturreservat, under navnet Gapøya naturreservat.[2] Gapøyholman er også vernet.[3] På Gapøyholman er det forbudt å gå i land mellom 1. mai og 15. juli.
Det finnes spor etter eldre bosetting i den småkuperte sørenden av øya. Utmarka med lyngheier og myrer dekker størstedelen av øya som for det meste består av en kolle med svaberg rundt.
I liene på de lavere partier på Gapøya vokser bjørkeskog som overveiende er småvokst, den har fra lav til middels bonitet. På toppen av øya og i deler av de lavere partier dominerer lyngmarka.
Området er næringsfattig. Utenfor lokaliteten i sør finnes i tilknytning til strendene dunhavre, strandreddik, skjørbuksurt og strandrug. Der er hundekjeks totalt dominerende på gammel dyrket mark. Kulturlandskapet er sterkt preget av at landbruksdriften har opphørt. Med mindre denne tas opp igjen - helst med beitende husdyr, noe som kanskje er lite sannsynlig, ligger det ikke til rette for noen høyning av lokalitetens verdi innenfor denne kartleggingsmetoden.
Kvæfjord El-verk tok opp et lån i Norges kommunalbank på 75 000 norske kroner[10], og gjorde det dermed mulig å få elektrisk strøm til Gapøya. Øya fikk strøm i 1960 gjennom en over fire kilometer lang sjøkabel for 22 kV høyspent. Kabelen strakte seg mellom Røkenes og Gapøya. Å legge kabelen fra Myrland eller Finnsæter ville vært kortere, men på grunn av sildefiske var det fare for at garn skulle huke seg fast i kabelen og dermed ødelegge den. I 1994 røk kabelen, og Gapøya fikk ikke tilbake strømmen etter det, siden øya ikke hadde noen fastboende.[9] Transformatoren, strømledningene og de fleste stolpene er tatt ned.
Bruk idag
Gapøya er ikke bebodd – de siste flyttet i 1971. Det er åtte eiendommer på øya med påstående bygninger, de fleste fra sent på 1800-tallet. I tillegg står det en bygning som ble brukt som forsamlingshus og skole for øyas innbyggere. Totalt står det 25 bygninger på øya, inkludert naust, fjøser og bygningen som tidligere ble brukt som butikk. Eiendommene brukes nå som fritidseiendommer for grunneierne og deres familier.
