Nagl var sønn av dørmannen Leopold Nagl og hans hustru Barbara Kloiber. Han gikk på seminaret i Krems og senere seminaret i Sankt Pölten fra 1874 til 1878, og tilslutt Universitetet i Wien, der han tok doktorgrad i teologi i 1883.
Prest
Han ble presteviet den 14. juli 1878 og var menighetssjelesørger i erkebispedømmet Wien til 1882, da han ble utnevnt til kapellan ved S. Maria dell'Anima i Roma,[4] der han virket til 1883. Han var professor i filosofi og eksegese ved seminaret i Sankt Pölten til 1885. Han var kapellan ved det keiserlige hoff fra 1885 til 1887.
Han var rektor for prestekollegiet og for kirken S. Maria dell'Anima fra 1889 til 1902.
Den 1. januar 1910 ble Franz Xaver Nagl utnevnt til titulærerkebiskop av Tyrus og koadjutorerkebiskop av erkebispedømmet Wien med etterfølgelsesrett etter den da nesten blinde og døve kardinal Anton Joseph Gruscha.
Erkebiskop av Wien
Den 5. august 1911 døde kardinal Gruscha, og Nagl etterfulgte ham som erkebiskop av Wien. Han var erkebiskop av Wien1911–1913.
Nagls tid som erkebiskop ble ganske kort, han døde i februar 1913, og velig meget fikk han ikke gjort. Han tok initiativ til renovering og utvidelse av et tidligere barnehjem på Boltzmanngasse i Wiens 9. distrikt, Alsergrund, som fra 1914 (etter Nagls død) huset Wiens presteseminar.
