Francisco Mancebo ble profesjonell i 1998 for laget Banesto. Han har ble værende i dette laget til og med 2005 (da det het Illes Balears – Caisse d'Epargne).
I 2006 gikk han til AG2R Prévoyance, men var linket til Operación Puerto og fikk ikke starte i Tour de France. Han bestemte seg umiddelbart for å legge opp, men ombestemte seg, endte kontrakten med AG2R Prévoyance og gikk til Relax-Gam.
