Kirka ledes av metropolitten av Tallinn og hele Estland, for tiden Kornilij Jakobs (siden 1990). Ved siden av metropolittens bispedømme, som omfatter mesteparten av landet, består kirka bare av ett ytterligere bispedømme: Narva og Peipus eparki nordøst i Estland.
Pühtitsaklosteret, som ble grunnlagt i 1891, ligger øst i Estland. Fordi klosteret er stavropegial, dvs. direkte underlagt patriarken av Moskva, hører det ikke til den estisk-ortodokse kirke.
Den estisk-ortodokse kirke ble grunnlagt i 1920 av patriark Tikhon av Moskva som en autonom delkirke av den russisk-ortodokse, men ba i 1923den økumeniske patriark om å overta den kirkelige overhøyheten. Under sovjetisk okkupasjon ble kirka i 1941 gjenforent med Moskva-patriarkatet og mistet samtidig sin autonomi, mens den opprinnelige kirkeledelsen gikk i eksil.
Som en reaksjon på Estlands uavhengighet fikk kirka i 1993 igjen innrømmet selvstyre. Samme år hadde eksilkirka blitt registrert som trossamfunn, slik at det oppstod uenighet bl.a. om hvilken kirke som skulle eie kirkebyggene. Konflikten ble løst gjennom et kompromiss, som innebar at hver menighet kunne velge om den ville være tilslutta Moskva-patriarkatets estisk-ortodokse kirke eller den estiske apostoliske ortodokse kirke.
2011 ble Narva eparki oppretta. (Narva hadde også vært bispesete fra 1924. Narvas epark Pavel Dmitrovskij hadde vært lojal til patriarken av Moskva under kirkas splittelse på 1940-tallet. Da han ble forfremmet til erkeepark av Tallinn i 1945, ble imidlertid Narva eparki opphevet.)
Metropolitter
Aleksandr Paulus (1920–23; deretter metropolitt under det økumeniske patriarkat frem til 1940, igjen anerkjent som russisk-ortodoks metropolitt i 1941, men erklært avsatt i 1942, i eksil fra 1944)
De oldkirkelige patriarkatene er sortert etter æresrang, de resterende kirkene alfabetisk. * Det overordna patriarkatet er angitt i parentes. ** Autokefali/autonomi er ikke anerkjent av alle ortodokse kirker.
