I 1971 vendte han tilbake til seminaret i Pitigliano, der han ble rektor, og i 1979 ble han sogneprest for menigheten Santo Stefano Protomartire i Porto Santo Stefano. Pave Johannes Paul II gjorde ham til monsignore i 1985.[1]
Den 5. februar2005 gikk han av som prelat og delegat og ble utnevnt til generalvikar for Vatikanstaten og president for byggearbeidene ved Peterskirken etter kardinal Francesco Marchisano. Kardinal Marchisano fortsatte som erkeprest for Peterskirken, mens erkebiskop Comastri ble utnevnt til koadjutor-erkeprest. Den 31. oktober2006 gikk kardinal Marchisano av for aldersgrensen, 77 år gammel, og erkebiskop Comastri overtok som erkeprest.
Kardinal
Den 17. oktober2007 bekjente pave Benedikt XVI at han ville bli kreert til kardinal ved et konsistorium planlagt for 24. november samme år. Han sto som nummer fem på listen over de nye kardinalene.
Hans titularkirke er San Salvatore in Lauro. Denne kirken var titularkirke for en kardinalprest mellom 1587 og 1670, men ble nå reetablert som en titularkirke for en kardinaldiakon.
Comastri deltok i konklaven i 2013, som valgte kardinal Bergoglio til ny pave (Frans).