Moshaven vart grunnlagd av medlemmar av Jerusalem Organisation. Dei hadde byrja jordbruksopplæring i 1938 i Menahemia. I 1944 flytta dei til Galileastripa og slo seg ned i området som i dag er HaGoshrim. Han vart kalla opp etter nærliggande bekkar som renn til Jordanelva. Som følgje av den arabisk-israelske krigen i 1948, gjekk dei religiøse innbyggjarane med på å flytte (busetnaden var no på grensa til Syria), og flytta husa til den fråflytta landsbyen Wilhelma. Den nye moshaven vart grunnlagd i 1952 på 25 dekar land.
Nehalim har ei hovudsynagoge, grunnlagd av jødar frå Europa. I 2012 utvikla det seg ein kontrovers då den aukande Mizrahi-populasjonen i moshaven ønskte å byggje ei ny synagoge for å gjenspegle den religiøse arva si, men vart hindra av sjefsrabbien i moshaven, David Greenwald.[2]
