Frå Reformasjonen til 1920 var den anglikanske kyrkja i Wales del av Den engelske kyrkja, og statskyrkja i Wales var Den engelske kyrkja. Tidleg på 1900-talet, under press frå frikyrkjelege politikarar, vedtok det britiske parlamentet å skilje den anglikanske kyrkja i Wales frå Den engelske kyrkja gjennom Welsh Church Act 1914. I 1920 vart Kyrkja i Wales fristilt. Dette førte til at Wales, i motsetnad til England, ikkje lenger hadde noka statskyrkje.
Kyrkja i Wales er derfor fullstendig uavhengig av både staten og Den engelske kyrkja. Kyrkja i Wales anerkjenner likevel erkebiskopen av Canterbury som titulær andeleg leiar av Den anglikanske kommunionen, sjølv om han ikkje har formell myndigheit over Kyrkja i Wales.
Kyrkja tillét prestevigsel av kvinner i 1996, og den første kvinnelege presten blei verksam i januar 1997. I 2008 var meir enn 20 % av prestane i kyrkja kvinner. I 2013 godkjende kyrkja at kvinner kunne bli biskopar.[1]
