Jenisejsk vart grunnlagt i 1619 som ein palisadert by. Han var den første byen grunnlagd ved elva Jenisej. Han spelte ei viktig rolle i den russiske koloniseringa av Aust-Sibir på 1600- og 1700-talet. Den gamle bydelen er av den russiske regjeringa inkludert på landet si foreløpige verdsarvliste.