Hennrik IX var son av hertug Welf I av Bayern (død 1101) og Judith av Flandern (død 1094). Han gifta seg ein gong mellom 1095 og 1100 med Wulfhild av Sachsen (fødd ein gong mellom 1071 og 1075, død 1126). Med henne fekk han sonen Henrik, kjend som «den stolte» som hertug av både Bayern og Sachsen.
Henrik den svarte døydde i Ravensburg og blei gravlagd i klosteret Weingarten.