Øyane er fordelte i tre grupper av mindre øyar. Lengst vest ligg Eilean a' Ghobha, Roairearn og Bròna Cleit. I aust ligg Eilean Mòr, Eilean Tighe, Hamasgeir, Làmh an Sgeire Mòire, Làmh a' Sgeire Bheag, Dearc na Sgeir og Gealtaire Beag. Sør for Eilean Mòr-gruppa ligg Soraigh, Sgeir Toman og Sgeir Righinn. Alle desse holmane er omgjeve av mindre namnlause klippeskjer.
Flannan Isles og fyret på Eilean Mòr er kjente som åstaden for ei mystisk forsvinning i 1900. Dampskipet Archtor passerte øyane 15. desember, og oppdaga at fyret ikkje var tent. Dette vart rapportert, og då ein båt med avløysingsmannskap kom fram 26. desember fann dei fyret tomt. Det var ikkje spor av dei tre fyrvaktarane som hadde vore på øya, og det var teikn til at fyrbygningen hadde vorte forlaten i all hast.[3] Dette gav opphav til fleire spekulasjonar og teoriar, av dei meir fantasifulle at fyrvaktarane hadde vorte tekne av eit sjøuhyre eller bortført av utanlandske spionar. Den offisielle granskinga konkluderte med at dei hadde vorte skylt på havet av ei stor bølgje.
