In de Eerste Wereldoorlog werd hij tijdens de Slag om Verdun gewond en krijgsgevangengenomen. Gedurende de twee jaar dat hij gevangen zat, hield hij zich onder meer bezig met het leren van Russisch en de filosofie van Bonaventura. Later ontving hij het Croix de Guerre voor het tonen van moed in oorlogsactie.
Gilson begon het thomisme historisch te onderzoeken. Voor hem was het thomisme niet identiek met scholastiek, maar eerder als een reactie ertegen te beschouwen. Gilson zag de richting waarin de moderne filosofie zich bewoog, namelijk het ‘verworden’ tot een wetenschap, als iets negatiefs. Dit betekende volgens hem immers voor de mens een soort troonsafstand, omdat hij zichzelf alleen nog maar als een stukje natuur kon zien. Dit zou uiteindelijk leiden tot de vernieling van menselijke levens en instellingen. Gilson was ervan overtuigd dat alleen de wederopleving van de filosofie van Thomas van Aquino de mens uit die gevarenzone zou kunnen brengen.
Gilson was een zeer productief en populair schrijver. Zijn veelvuldige publicaties over de geschiedenis van de filosofie, en in het bijzonder over de middeleeuwse filosofie, worden nog steeds veel gelezen en besproken.
Publicaties
La Liberté chez Descartes et la Théologie, Alcan, 1913.
Le thomisme, introduction au système de saint Thomas, Vrin, 1919.
Études de philosophie médiévale, Université de Strasbourg, 1921.
La philosophie au moyen-âge, vol.I : De Scot Erigène à saint Bonaventure, Payot, 1922.
La philosophie au moyen-âge, vol.II : De saint Thomas d’Aquin à Guillaume d’Occam, Payot, 1922.
La philosophie de saint Bonaventure, Vrin, 1924.
René Descartes. Discours de la méthode, texte et commentaire, Vrin, 1925.
Saint Thomas d’Aquin, Gabalda, 1925.
Introduction à l’étude de Saint Augustin, Vrin, 1929.
Études sur le rôle de la pensée médiévale dans la formation du système cartésien, Vrin, 1930.
L’esprit de la philosophie médiévale, Vrin, 1932.
Les Idées et les Lettres, Vrin, 1932.
Pour un ordre catholique, Desclée de Brouwer, 1934.
La théologie mystique de saint Bernard, Vrin, 1934.
Le réalisme méthodique, Téqui, 1935.
Christianisme et philosophie, Vrin, 1936.
The Unity of Philosophical Experience, Scribner's, 1937.
Héloïse et Abélard, Vrin, 1938.
Dante et la philosophie, Vrin, 1939.
Réalisme thomiste et critique de la connaissance, Vrin, 1939.
Théologie et histoire de la spiritualité, Vrin, 1943.
Notre démocratie, S.E.R.P., 1947.
L’être et l’essence, Vrin, 1948.
Saint Bernard, textes choisis et présentés, Plon, 1949.
L’École des Muses, Vrin, 1951.
Jean Duns Scot, introduction à ses positions fondamentales, Vrin, 1952.
Les métamorphoses de la cité de Dieu, Vrin, 1952.
Peinture et réalité, Vrin, 1958.
Le Philosophe et la Théologie, Fayard, 1960.
Introduction à la philosophie chrétienne, Vrin, 1960.
La paix de la sagesse, Aquinas, 1960.
Trois leçons sur le problème de l’existence de Dieu, Divinitas, 1961.