In 1721 werd Bégon bisschop van Toul, een van de Trois-Evêchés. Bégon werd prins van het Rooms-Duitse Rijk. Alhoewel het prinsbisdom Toul deel uitmaakte van Frankrijk sinds 1648, bleven de bisschoppen zich prins noemen. Bégon liet in Toul zelf een groot bisschoppelijk paleis bouwen, want het kasteel in Liverdun was een ruïne geworden[3]. Twee architecten-geestelijken (premonstratenzers) tekenden de plannen van het bouwwerk. In het bisdom liet hij kerken bouwen en wijdde ze in. Hij schreef talrijke pastorale brieven en hield voordrachten. Bégon verfraaide Toul. Hij stimuleerde het priesterseminarie van Toul financieel zodat arme geestelijken er jaren konden studeren.
In 1737 ontving Bégon een bevel van Lodewijk XV van Frankrijk. Frankrijk stond op het punt de hertogdommen Lotharingen en Bar te annexeren doch, als tussenperiode, regeerde Stanislaus Leszczynski, de schoonvader van Lodewijk XV. Lodewijk XV verplichtte bisschop Bégon de bevolking in het (naburige) Lotharingen warm te maken voor de nakende annexatie. Hierin sloeg Bégon ten dele; het Franse ambtenarenapparaat van Stanislaus was immers niet geliefd. Bégon steunde de urbanisatiewerken van Stanislaus, alsook de officiële bezoeken in Lotharingen. Het kwam wel tot een dispuut met het kapittel van Saint-Dié-des-Vosges over het beheer van de welvarende abdij Saint-Dié[4]. Deze werd beslecht in het voordeel van Bégon, na tussenkomst van hertog Stanislaus. Intussen had Stanislaus vernomen dat de kassen van het bisdom Toul leeg waren. Dit kwam vooral door de dure bouwwerken. Stanislaus wijzigde daarom het statuut van die andere rijke abdij, deze van Saint-Pierre d’Etival, vandaag in Etival-Clairefontaine. Deze abdij van premonstratenzers verloor haar financiële autonomie en werd een priorij in handen van het bisdom Toul.
In 1753 stierf Bégon in zijn nieuw gebouwd bisschoppelijk paleis.[5][6] Hij werd in de kathedraal van Toul begraven. Hij was de 3e laatste bisschop van Toul.[7]