Na de overdracht van het herbarium van de Columbia University aan de New York Botanical Garden in 1901, werd Howe lid van de wetenschappelijke staf van deze botanische tuin. In 1906 werd hij er conservator. In 1923 werd hij benoemd tot assistent-directeur. Vanaf de pensionering van Elmer Drew Merrill in 1935 tot aan Howe's dood in 1936 was Howe gedurende vijftien maanden directeur.
Gedurende zijn 35-jarige dienstverband bij de New York Botanical Garden, was Howe betrokken bij diverse expedities waarop hij planten verzamelde. Hij organiseerde tentoonstellingen en hij onderzocht specimens van algen en levermossen in diverse herbaria in de wereld. Ook hield hij zich bezig met dahlia's en andere sierplanten.
Marshall Avery Howe, J.H. Barnhart; in: Science, volume 85, nummer 2195, pp. 91-92 (1937)
Marshall Avery Howe, 1867-1936; A.J. Grout; in: The Bryologist; volume 40, nummer 2; pp 33-36 (1937)
Phycological Trailblazer, No. 13: Marshall Avery Howe; M.J. Wynne; in Phycological Newsletter, volume 36, nummer 1; Phycological Society of America (2000)