De marathon van Tokio 2013 werd gelopen op zondag 24 februari 2013. Het was de zevende keer dat de marathon van Tokio was opengesteld voor zowel mannen als vrouwen.

Bij de mannen was het de Keniaan Dennis Kimetto, die als eerste over de streep kwam in 2:06.50. Hij bleef de winnaar van 2012, Michael Kipyego, hiermee slechts acht seconden voor. Beide Kenianen bleven met deze tijden onder het vorige parcoursrecord van Viktor Röthlin, die dit sinds 2008 op zijn naam had staan.^[1]

De Ethiopische Aberu Kebede was het sterkst bij de vrouwen in 2:25.34.

rang	naam	land	tijd
1	Dennis Kimetto	KEN	2:06.50
2	Michael Kipyego	KEN	2:06.58
3	Bernard Kipyego	KEN	2:07.53
4	Kazuhiro Maeda	JPN	2:08.00
5	James Kwambai	KEN	2:08.02
6	Gilbert Kirwa	KEN	2:08.17
7	Feyisa Bekele	ETH	2:09.05
8	Dino Sefir	ETH	2:09.13
9	Takayuki Matsumiya	JPN	2:09.14
10	Jonathan Maiyo	KEN	2:10.18
11	Masato Imai	JPN	2:10.29
12	Gideon Kipketer	KEN	2:10.41
13	Soji Ikeda	JPN	2:10.59
14	Mekubo Mogusu	KEN	2:11.02
15	Taiga Ito	JPN	2:11.15
16	Satoru Sasaki	JPN	2:11.28
17	Chiharu Takada	JPN	2:11.53
18	Ahmed-Ibrahim Baday	MAR	2:12.53
19	Hiroki Tanaka	JPN	2:13.09
20	Norihide Fujimori	JPN	2:13.11
21	Ryotaro Nitta	JPN	2:14.09
22	Aissa-Ismail Rasheed	QAT	2:14.10
23	Makoto Harada	JPN	2:14.40
24	Yasuyuki Nakamura	JPN	2:14.41
25	Yuya Shiokawa	JPN	2:14.49

rang	naam	land	tijd
1	Aberu Kebede	ETH	2:25.34
2	Yeshi Esayias	ETH	2:26.01
3	Irina Mikitenko	GER	2:26.41
4	Albina Mayorova	RUS	2:26.51
5	Yoshimi Ozaki	JPN	2:28.30
6	Helalia Johannes	NAM	2:29.20
7	Mika Yoshikawa	JPN	2:30.20
8	Nastassia Staravoitava	BLR	2:30.45
9	Azusa Nojiri	JPN	2:31.15
10	Hiroko Yoshitomi	JPN	2:31.28
11	Shoko Shimizu	JPN	2:32.43
12	Hiroko Shoi	JPN	2:33.21
13	Bizunesh Bekele	ETH	2:34.19
14	Saki Tabata	JPN	2:37.40
15	Noriko Sato	JPN	2:38.50
16	Rina Yamazaki	JPN	2:39.48
17	Mitsuko Hirose	JPN	2:42.20
18	Ikue Tabata	JPN	2:42.37
19	Amanda Rice	USA	2:42.44
20	Ryo Kawahara	JPN	2:44.24
21	Caroline Kilel	KEN	2:47.08
22	Yuka Aoyama	JPN	2:47.22
23	Eri Suzuki	JPN	2:48.32
25	Toshiko Yoshikawa	JPN	2:51.00