De marathon van Tokio 2009 vond plaats op zondag 17 februari 2009. Dit was de derde editie van deze marathon.

De wedstrijd bij de mannen werd gewonnen door de Keniaan Salim Kipsang met een tijd van 2:10.27. De Japanse Mizuho Nasukawa finishte als eerste vrouw in 2:25.38.

rang	naam	land	tijd
1	Salim Kipsang	KEN	2:10.27
2	Kazuhiro Maeda	JPN	2:11.01
3	Kensuke Takahashi	JPN	2:11.25
4	Sammy Korir	KEN	2:11.57
5	Kenta Oshima	JPN	2:12.54
6	Tomoyuki Sato	JPN	2:13.12
7	Dmytro Baranovsky	UKR	2:13.27
8	Asnake Fekadu	ETH	2:13.40
9	Kentaro Nakamoto	JPN	2:13.53
10	Atsushi Fujita	JPN	2:14.00

rang	naam	land	tijd
1	Mizuho Nasukawa	JPN	2:25.38
2	Yukari Sahaku	JPN	2:28.55
3	Reiko Tosa	JPN	2:29.19
4	Alevtina Biktimirova	RUS	2:29.33
5	Shitaye Gemechu	ETH	2:29.59
6	Kiyoko Shimahara	JPN	2:31.57
7	Hiromi Ominami	JPN	2:32.11
8	Luminita Talpos	ROU	2:32.22
9	Pamela Chepchumba	KEN	2:32.40
10	Harumi Hiroyama	JPN	2:35.39