Op 9 september 1901 werd Wagner geboren in Straatsburg. Hij was de zoon van de General der InfanterieErnst Wagner (geboren 16 juni 1854 - 28 december 1923 Münster) en zijn vrouw Paula geboortenaam Sauvin. Zijn jongere broer was de Generalleutnant (Luftwaffe) Kurt Wagner (geboren 4 november 1891 in Trier - 19 november 1966 overleden Bremen).[5]
In 1931 sloot Jürgen Wagner zich aan bij de SS. Wanneer de Tweede Wereldoorlog uitbreekt is hij officier in de staf van SS-Standarte Deutschland. Hij was commandant van het SS-Panzergrenadier-Regiment 9 "Germania" van 5. SS-Panzer-Division Wiking, waarmee hij in Joegoslavië en Rusland vocht. Op 24 juli 1943 werd hij met het Ridderkruis van het IJzeren Kruis onderscheiden.
Tijdens de Slag om Narva was hij commandant van de Brigade Nederland.
Op 19 april 1944 werd Wagner tot SS-Brigadeführer en Generalmajor der Waffen-SS bevorderd en was hij commandant van de 4. SS-Polizei-Panzergrenadier-Division. Na de oorlog werd Wagner door de Amerikanen aan Joegoslavië uitgeleverd en hij werd in juni of augustus 1947 terechtgesteld voor gepleegde oorlogsmisdaden binnen zijn bevelsbereik in 1941.[10]
(de) Die Ordensträger der Deutschen Wehrmacht (CD), VMD-Verlag GmbH, Osnabrück, 2002
(de) A. Kwasny, G. Kwasny, Die Eichenlaubträger 1940-1945 (CD), Deutsches Wehrkundearchiv, Lage-Waddenhausen, 2001
(en) W.P. Fellgiebel, Elite of the Third Reich, The recipients of the Knight's Cross of the Iron Cross 1939-1945, Solihull, 2003. ISBN 1-874622-46-9
(de) K. Patzwall, V. Scherzer, Das Deutsche Kreuz 1941-1945, Geschichte und Inhaber Band II, Verlag Klaus D. Patzwall, Norderstedt, 2001. ISBN 3-931533-45-X
(de) Thomas, Franz. Die Eichenlaubträger 1939–1945 Band 2: L–Z. Osnabrück, Duitsland: Biblio-Verlag. 1998, ISBN 978-3-7648-2300-9.
Twents Nieuwsblad, vrijdag 29 december 1944
(fr) Tixier, Thierry (2019). Allgemeine SS - Polizei - Waffen-SS Volume 2, SS BRIG FHR WAGNER (Geen paginavermelding). ISBN 9781326548674.
(en) Yerger, Mark C. (1999). Waffen-SS Commanders: The Army, Corps and Divisional Leaders of a Legend: Krüger to Zimmermann. Schiffer Military History, Atglen, PA, 312, 313. ISBN 9780764307690.
(de) SS-Personalhauptamt (9. November 1944). Dienstaltersliste der Schutzstaffel der NSDAP (SS-Oberst-Gruppenführer-SS-Standartenführer) (PDF). Reichsdruckerei, Duitsland, pp. 22.
(de) Krätschmer, Ernst-Günther (2012). Die Ritterkreuzträger der Waffen-SS (PDF). Pour le Mérite-Verlag, 466, 469. ISBN 9783942145145.
(en) Kursietis, Andris J. (1999). The Wehrmacht at War 1939-1945; The Units and Commanders of the Ground Forces during World War II (PDF). Uitgeverij Aspekt, p. 265. ISBN 9075323387.
(en) Mitcham, Jr., Samuel W. (2007). German Order of Battle Volume Three; Panzer, Grenadier, and Waffen SS Divisions in WWII (eBook). Stackpole Books, Mechanicsburg, PA, p. 62. ISBN 9780811745253.
(de) Schulz, Andreas, Dieter Zinke (2012). Die Generale der Waffen-SS und der Polizei Band 6 U - Z. Biblio Verlag, Bissendorf, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146. ISBN 3764832029.
(de) Preradovisch von, Nikolaus (1985). Die Generale der Waffen-SS. Kurt Vowinckel-Verlag, Berg am See, 201, 211. ISBN 9783921655412.