John Kelly werd op 11 mei 1950 geboren in een Iers-katholieke familie in Boston, en groeide op in de wijk Brighton.[3] Op zestienjarige leeftijd liftte hij naar de andere kant van de Verenigde Staten, de staat Washington, en keerde terug met de trein. Hierna werkte hij een jaar bij de United States Merchant Marine en schreef zich in 1970 in bij het U.S. Marine Corps (Korps Mariniers) toen hij ingeloot zou worden voor dienstplicht. In 1972 werd hij als sergeant uit actieve dienst ontslagen, en werd in december 1975 aangenomen als tweede luitenant in het Korps via de officiersopleiding.[4]
Kelly keerde na zijn opleiding aan de Universiteit van Massachusetts terug naar zijn divisie bij de mariniers, waar hij opklom tot infantry company commander. Vervolgend diende hij aan boord van de vliegdekschepen USS Forrestal en USS Independence vanuit Mayport in Florida. In 1980 volgde hij, inmiddels met de rang kapitein, een nadere officiersopleiding in Fort Benning en werd hij gestationeerd op het hoofdkwartier van het Korps in Washington D.C. (1981-1984). In 1984 keerde hij terug naar zijn tweede mariniersdivisie en in 1987 werd hij gepromoveerd tot majoor.[4]
In 1987 werd Kelly overgeplaatst naar The Basic School in Quantico, Virginia, waar de nieuwe officiers bij de Amerikaanse mariniers een deel van hun opleiding voltooien. Hij was verantwoordelijk voor de afdeling offensieve tactieken, en nam later de verantwoordelijkheden van de directeur van de infanterie-officierscursus waar. Na drie jaar bij de opleidingen actief te zijn geweest, werd hij zelf nader opgeleid bij het Marine Corps Command and Staff College en de School for Advanced Warfare - beide in Quantico.
Kelly werd bevorderd tot luitenant-kolonel en kreeg het bevel over het 1st Light Armored Reconnaissance Battalion in Camp Pendleton, Californië. Tijdens zijn bevel moest zijn bataljon de politie ondersteunen bij de Rodney King-rellen van 1992 in Los Angeles. Na twee jaar keerde hij terug naar de oostkust om een nadere opleiding aan het National War College te volgen, waarna hij werd aangesteld als liaisonofficier van de commandant van het Korps Mariniers naar het Huis van Afgevaardigden - waar hij werd bevorderd tot kolonel.
In 1999 werd Kelly overgeplaatst naar Bergen in België als speciaal assistent van de commandant van het Supreme Headquarters Allied Powers Europe. Na twee jaar keerde hij terug naar de VS, waar hij assistent-stafchef G3 werd bij de tweede mariniersdivisie. In 2002 werd hij overgeplaatst naar de eerste mariniersdivisie, als assistent-divisiecommandant. Deze functie oefende hij vooral uit op missie in Irak, tijdens de Irakoorlog. In maart 2003, terwijl hij in Irak zat, werd Kelly benoemd tot brigadegeneraal, de eerste promotie van een marinierskolonel in een oorlogsgebied sinds 1951.
Een maand later kreeg Kelly het bevel over de nieuw gevormde Task Force Tripoli[5], waarmee hij van iets ten noorden van Bagdad naar Samarra en Tikrit reed. Tijdens de aanval op Bagdad werd Kelly gevraagd door een journalist of hij, gezien de grootte van het Iraakse leger en het beschikbare materieel, ooit een verlies zou overwegen. Kelly's archetypisch antwoord was naar eigen zeggen iets als: "Hell these are Marines. Men like them held Guadalcanal and took Iwo Jima. Baghdad ain't shit."[6]
Zijn volgende aanstelling was als legislative assistant van de commandant van het Korps, Michael Hagee. In januari 2007 werd Kelly voorgedragen tot majoor-generaal, een rang waarin hij later dat jaar door de senaat werd bevestigd. In juli 2007 werd hij aangesteld als bevelvoerend generaal van de I Marine Expeditionary Force (waar ook de eerste mariniersdivisie deel van uitmaakte). In februari 2008 nam hij het bevel over de internationale krijgsmacht-west in Irak, waar hij majoor-generaal Walter Gaskin opvolgde. Na een jaar in Irak keerde Kelly in 2009 terug naar de VS.[7] Kelly was de senior militair assistent van de minister van Defensie.[8]
Van november 2012 tot zijn pensionering in 2016 had hij de leiding over de United States Southern Command (USSOUTHCOM), verantwoordelijk voor activiteiten in Centraal- en Zuid-Amerika en de Caraïben. Na zijn pensioen werd hij opgevolgd door marine-admiraal Kurt Tidd.
Onder Donald Trump
Minister van Binnenlandse Veiligheid
Op 7 december 2016 maakte Donald Trump bekend dat hij de oud-generaal genomineerd had om de post van minister van Binnenlandse Veiligheid te vervullen in het nog te vormen kabinet. Er werd gesuggereerd door bronnen die bekend waren met het transitieteam dat zijn aanstelling gebaseerd was op zijn ervaring met de zuidwestelijke grens met Mexico.[9] Op 20 januari 2017, de eerste dag in functie van Trump, werd de aanstelling van Kelly door de senaat bevestigd met een meerderheid van 88 tegen 11.[10] Dezelfde avond werd hij nog ingezworen door vicepresidentMike Pence.
Al vroeg na zijn aantreden als minister sprak Kelly zijn wens uit om de door Trump beloofde (en zwaar bekritiseerde) grensmuur met Mexico binnen twee jaar te voltooien.[11] De bouw zou al tegen het eind van zomer 2017 beginnen.[12] Hij benadrukte het belang ervan vanwege de ongelooflijke bedreigingen, waaronder drugs en personen, die via de zuidelijke grens de VS binnen zouden komen. Hij sprak zijn verbazing uit over politici die blij waren dat de bouw vertraagd zou worden.[13]
In mei 2017 benadrukte Kelly de alomtegenwoordigheid van terrorisme, en stelde hij dat mensen hun huis nooit meer zouden durven te verlaten als ze de waarheid zouden weten.[14]