In 1966 werd hij organist en koorleider aan de Evangelische kerk van Frauenfeld en docent orgel en klavecimbel aan het Conservatorium van Winterthur. Van 1972 tot 2006 leidde hij een orgelklas aan de Schola Cantorum Basiliensis en was titularis van het Johann Andreas Silbermann orgel in de kathedraal van Arlesheim.
Zehnder is op vele langspeelplaten te horen en heeft wetenschappelijke studies gepubliceerd over de vroege werken van Johann Sebastian Bach.
In 2002 werd hij eredoctor van de Technische Universiteit Dortmund. Na zijn emeritaat werkte hij als docent bij de „Sommerakademie für Alte Musik" in Innsbruck en bij de Orgelweken in Muri en Arlesheim.
In 1982 maakte Zehnder deel uit van de jury voor de internationale orgelwedstrijd in Brugge gehouden in het kader van het MAfestival Brugge Festival Musica Antiqua.
Publicaties en discografie
Die frühen Werke Johann Sebastian Bachs, Stil - Chronologie - Satztechnik, Basel, Schwabe, 2009 (twee delen)
In organo pleno, Bern, Lang, 2007
Die Silbermannorgel im Dom zu Arlesheim, Regensburg, Schnell + Steiner, 2007
J. S. Bachs früheste Notenhandschriften [Tonträger], Stuttgart, Carus-Verl., 2006
Jean-Claude Zehnder spielt Bach in Naumburg [Tonträger], 2004
Die Orgel in der Naumburger Wenzelskirche, Düsseldorf, Motette-Ursina-Schallplattenverlag, 1996
Orgelbüchlein, Ostern und Pfingsten, Düsseldorf, Motette-Ursina-Schallplattenverlag, 1996
Orgelbüchlein, Neujahr bis Passion, Wiesbaden, Motette-Ursina-Schallplattenverlag, 1994
Orgelbüchlein, Advent und Weihnacht, Wiesbaden, Motette-Ursina-Schallplattenverlag, 1994
Jean-Claude Zehnder an der Ahrend-Orgel in San Simpliciano, Milano, 1993
Die achtzehn Leipziger Orgelchoräle Bachs, Freiburg (Breisgau), Harmonia Mundi, 1993
Acht Choräle zum Praeambulieren von Johann Pachelbel, Winterthur, Amadeus-Verlag, 1992
Vier Sonaten van Georg Friedrich Haendel, Zürich, Musikhaus Pan, 1985
Orgeln im Elsass, Solingen, Winfried Schlömer, 1984
Deutsche Clavier-Musik um 1700, Sirnach, Güttler, 1983
Orgelmusik aus dem Dom zu Arlesheim, Zürich, Music Consort, 1982
Chor- und Orgelmusik aus dem Dom zu Arlesheim, Zürich, Music Consort, 1982
Die Silbermann-Orgel im Dom zu Arlesheim , Köln, EMI-Electrola, 1981
Die drei Orgeln der Klosterkirche Muri, Zürich, Musikverlag zum Pelikan, 1978
Die frühen Werke Johann Sebastian Bachs, Basel, Schwabe
