Met de saxofonist en componist Jason Mears richtte Eisenstadt het Ahimsa Orchestra en de groep KOLA op. Met het Ahimsa Orchestra speelde hij in 2003 in Brooklyn de eerste opvoering van zijn drieidelige suite Non-Violence en in 2004 de Variations for Creative Orchestra. Voor de groep KOLA schreef hij Kola 1 en Kola 2, die in 2004 voor het eerst werden uitgevoerd.
Met Wadada Leo Smith werkte hij mee aan de film The Wedding Crashers (2005). Ook was hij betrokken bij dansprojecten, van de Urban Bushwomen in New York, de Butoh-danser Oguri en de CalArts Dance department. Hij speelde in het ensemble van de Macbeth-uitvoering van Stephen Dillane (2004-06) en was musicus bij de opera Wet at REDCAT van Anne LeBaron (2005).
Ahimsa Orchestra met Steve Adams, David Brandt, Kyle Bruckmann, Ellen Burr, Jessica Catron, Alex Cline, Dan Clucas, George Cremaschi, Vinny Golia, Phillip Greenlief, Bill Horvitz, George McMullen, Sara Schoenbeck, Kris Tiner, Toyoji Tomita, Brian Walsh, Omid Zoufonoun, 2005
The Soul and Gone met Jason Adasiewicz, Jeb Bishop, Jason Mears, Jason Roebke, 2005
The All Seeing Eye + Octets met Chris Dingman, Daniel Rosenboom, Aaron Smith, Andrew Pask, Brian Walsh, Sara Schoenbeck, Scott Walton, Marc Lowenstein, 2006
Canada Day II (Songlines, 2011) met Chris Dingman, Matt Bauder, Nate Wooley, Garth Stevenson
The Destructive Element (Clean Feed Records, 2016) met Ellery Eskelin, Angelica Sanchez
The Convergence Quartet: Owl Jacket (NoBusiness, 2015), met Taylor Ho Bynum, Alexander Hawkins en Dominic Lash