Bauer richtte in 1895 de vakbond van de bureelbedienden op, waarvan hij tot 1908 voorzitter was. Hij werd vervolgens ondervoorzitter van de Generalkommission der Gewerkschaften voor heel Duitsland van 1908 tot 1918. Hij werd staatssecretaris voor arbeid in het kabinet van prins Max van Baden, de laatste regering van het keizerrijk. In januari 1919 werd hij benoemd tot minister van arbeid in de regering van Philipp Scheidemann en werd na diens ontslag zelf premier, vanaf september 1919 rijkskanselier. In deze functie ondertekende hij het Verdrag van Versailles. Zijn vice-kanselier en minister van financiën Matthias Erzberger introduceerde een uniforme belastingwet ter vervanging van de verschillende belastingstelsels van de deelstaten. De macht om belasting te heffen verschoof van de deelstaten naar de centrale overheid.
