Minderman was van oktober 2006 tot juni 2007 lid van de Eerste Kamer der Staten-Generaal. Hij volgde tussentijds de opgestapte Sam Pormes op. In de Kamer hield hij zich bezig met financiën, economische zaken, onderwijs en Antilliaanse zaken. Bij de Eerste Kamerverkiezingen 2007 had hij een zesde plek op de kandidatenlijst van zijn partij, te laag om herkozen te worden.
Minderman is ook op kerkelijk gebied actief. Goos Minderman is lid van de Remonstrantse Broederschap. Zo was hij voorzitter werkgroep Vluchtelingen Landelijke Raad van Kerken en penningmeester Churches Commission on Migration in Europe (2001-2005). Vanaf 2001 is hij lid Raad Oecumene en Samenwerking van Remonstrantse Broederschap (vanaf 2001) en adviseur van de conferentie van Europese Kerken in Genève (vanaf 2003). Tussen 2000 en 2001 was hij interim-voorzitter van de IKON, de interkerkelijke omroep.[1][2] Van 2006 tot 2009 was hij lid van de stuurgroep van de De Linker Wang, een christelijk links platform binnen GroenLinks. Hij was van 2007 tot 2009 voorzitter van deze organisatie.