František Benda was als weverszoon de oudste van een familie van Boheemse componisten en musici. Op tienjarige leeftijd werd František als koorknaap opgenomen in de katholische Hofkapelle in Dresden. Graf Kleinau, wiens onderdaan de familie Benda was, eiste zijn terugkeer en plaatste hem aan zijn hof in Wenen. Hij vluchtte in 1730 naar Warschau waar hij werd opgenomen in de hofkapel van August van Saksen, die koning van Polen was geworden. Hij richtte zich sindsdien als solist en componist op het vioolspel. Na de dood van de koning in 1733 trad hij onder de naam Franz Benda in dienst van de kroonprins van Pruisen, als eerste violist in diens privékapel te Ruppin. Na enige tijd werd Benda in Berlijn-PotsdamKonzertmeister van de hofkapel, toen de kroonprins inmiddels koning Frederik II was geworden.
Benda ging over tot het lutheranisme. Zijn broers, waaronder Jan Jiří Benda (Johann Georg Benda) en Jiří Antonín Benda (Georg Anton Benda) waren eveneens componist en muzikant. Zij kregen via Franz hun muzikale opleiding aan het Pruisische hof en verwierven muzikale functies aan andere vorstenhoven in Duitsland.
In 1786 overleed Franz Benda in Potsdam.