In 2006 werd het 87ste Campeonato Maranhense gespeeld voor voetbalclubs uit Braziliaanse staat Maranhão. De competitie werd gespeeld van 22 juli tot 17 december en werd georganiseerd door de FMF. Moto Club werd kampioen.
Indien beide clubs een wedstrijd wonnen in de finale werd er een extra beslissende wedstrijd gespeeld, indien die op een gelijkspel eindigde won de club met het beste resultaat in de groepsfase.