In 2006 werd de zeventiende editie van het Campeonato Brasileiro Série C gespeeld, de derde hoogste klasse van het Braziliaanse voetbal. De competitie werd gespeeld van 16 juli tot 29 november. Criciúma werd kampioen.
Format
Er namen 63 clubs deel die in de eerste fase verdeeld werden over 16 poules van drie tot vier clubs, de top twee stootte telkens door naar de tweede fase. Hier werden de teams verdeeld over acht groepen van vier waarvan de top twee telkens weer doorging naar de derde fase. Opnieuw werden de teams verdeeld over vier groepen van vier waarvan de top twee zich voor de laatste fase plaatste. Hier bekampten de acht overblijvers elkaar en vanaf dit seizoen promoveerden maar liefst vier clubs naar de Série B.