Sungai Segamat ialah sebatang sungai yang mengalir dalam Daerah Segamat, Johor, Malaysia yang juga mengalir melalui pusat bandar Segamat. Sumber sungai ini terletak di Gunung Besar yang terletak dalam Taman Negara Endau Rompin dan kualanya terletak di Sungai Muar.

Sungai Segamat telah ditemui oleh Bendahara Tepok dan tenteranya sementara melarikan diri selepas Kesultanan Melaka telah dijajah oleh tentera Portugis diketuai oleh Afonso de Albuquerque pada 1511. Bendahara tersbut berehat berdekatan dengan sungai itu dan meminum sungai di situ. Dia berseru, "Segar amat!", lalu sungai itu mendapat namanya.

Kemudian, Bendahara tersbut dan tenteranya menubuhkan petempatan dipanggil Rantau Panjang yang kemudiannya menjadi pusat bandar Segamat. Sejak itu, sungai itu telah menjadi pengangkutan utama antara Rantau Panjang dan Muar sehingga kemunculan rangkaian keretapi kebangsaan dan rangkaian jalan kebangsaan (Laluan Persekutuan LP 1 dan Laluan Persekutuan LP 23) oleh jajahan kerajaan British. Sejak itu, sungai tersebut tidak lagi menjadi pengangkutan utama.

Sungai ini berjambatan oleh tiga jambatan di bandar Segamat.

• Kampung Tungku Tiga
• Kampung Tengah
• Pusat Bandar Segamat (Bandar Seberang)
• Kampung Lubuk Batu
• Kampung Gemereh
• Kampung Batu Badak

• YM Ungku Mohd. Zaman bin Tahir (1996). Segamat: Sejarah dan Mitosnya. Al-Kafilah Enterprise.