Dilahirkan di Graz, Austria, Franz Ferdinand merupakan anak sulung kepada Archduke Karl Ludwig dari Austria (adik lelaki Maharaja Franz Josef) dan isteri keduanya, Puteri Maria Annunciata dari Dua Sicily. Ketika beliau berumur 12 tahun, saudara sepupunya, Duke Francis V dari Modena, mangkat dan menamakan Franz Ferdinand sebagai pewarisnya, dengan syarat bahawa Franz menambahkan nama Este pada nama sendiri. Oleh itu, Franz Ferdinand menjadi salah satu daripada orang terkaya di Austria.
Ketika dilahirkan, tidak adanya sebarang alasan untuk menganggap bahawa Franz Ferdinand akan menjadi pewaris raja Austria-Hungary. Beliau diberikan pendidikan archduke yang ketat, dengan penekanan kepada sejarah dan watak moral. Guru peribadinya dari tahun 1876 hingga 1885 ialah ahli sejarah, Onno Klopp. Pada tahun 1877, Franz Ferdinand menyertai tentera, dengan pangkat leftenan ketiga.
Pada masa mudanya, Franz Ferdinand mempunyai dua keghairahan yang utama: pemburuan serta pelancongan. Beliau dianggarkan menembak melebihi 5,000 ekor rusa pada seumur hidupnya. Pada tahun 1883, beliau melawat Itali buat pertama kali untuk menguruskan harta pusakanya daripada Duke Francis V dari Modena. Beliau melawat Mesir, Palestin, Syria, dan Turki pada tahun 1885, dan Jerman pada tahun 1889.
Kehidupan Franz Ferdinand berubah secara dramatik pada tahun 1889. Saudara sepupunya, Putera Mahkota Rudolfmembunuh diri di telatap pemburuannya di Mayerling, dan meninggalkan ayah Franz Ferdinand, Archduke Karl Ludwig, menjadi orang pertama dalam susunan untuk menduduki takhta. Mulai dari saat itu, Franz Ferdinand dipersiapkan untuk menjadi Raja.
Perkahwinan dan keluarga
Pada tahun 1895, Franz Ferdinand bertemu dengan Countess Sophie Chotek di sebuah majlis tari-menari yang diadakan di Prague. Sophie merupakan dang perwara kepada Archduchess Isabella, isteri Archduke Friedrich, Duke Teschen. Franz Ferdinand memulakan lawatan-lawatan ke vila Archduke Friedrich di Bratislava (dahulu Pressburg). Semasa Franz Ferdinand pergi ke pulau Losinj di Laut Adriatik untuk sembuh daripada batuk kering, Sophie berkirim-kiriman surat dengannya.
Untuk melayakkan diri sebagai pasangan perkahwinan kepada seorang ahli Kerabat Diraja Habsburg, seseorang itu harus merupakan salah satu ahli dinasti yang memerintah atau yang pernah memerintah di Eropah. Keluarga Chotek bukannya salah satu keluarga ini, walaupun mereka mempunyai nenek moyang sebelah ibu yang merupakan putera-putera Baden, Hohenzollern-Hechingen, dan Liechtenstein. Oleh itu, Franz Ferdinand dan Sophie merahsiakan hubungan mereka selama melebihi dua tahun.
Archduchess Isabella menganggap bahawa Franz Ferdinand tertawan dengan salah satu anak perempuannya. Bagaimanapun, pada tahun 1898, Franz Ferdinand tertinggal jam tangannya di gelanggang tenis di vila Isabella. Isabella membuka jam tangan itu, dan berharap akan melihat gambar salah satu anak perempuannya. Sebaliknya, dia menjumpai gambar foto Sophie. Sophie dipecat dengan serta merta daripada jawatannya.
Akhirnya, pada tahun 1899, Maharaja Franz Joseph bersetuju untuk membenarkan Franz Ferdinand berkahwin dengan Sophie, dengan syarat bahawa perkahwinan mereka akan merupakan perkahwinan morganatik, iaitu keturunan-keturunan mereka tidak mempunyai hak pewarisan takhta. Sophie juga tidak akan berkongsi pangkat, gelaran, keutamaan, atau hak istimewa suaminya; oleh itu, Sophie biasa tidak muncul di sisi suaminya di khalayak ramai.
Upacara perkahwinan diadakan pada 1 Julai1900 di Reichstadt (kini Zakupy, Bohemia). Maharaja Franz Joseph tidak menyertai upacara ini; serupa juga dengan archduke-archduke yang lain, termasuk adik-adik Franz Ferdinand. Ahli-ahli tunggal daripada kerabat diraja yang hadir ialah ibu tiri Franz Ferdinand, Maria Theresia, dengan kedua-dua anak perempuannya.
Dengan perkahwinan itu, Sophie diberikan gelaran Putera Hohenberg (Fürstin von Hohenberg) dengan panggilan Her Serene Highness (Ihre Durchlaucht). Pada tahun 1909, Sophie diberikan gelaran yang berpangkat lebih tinggi, iaitu Duchess Hohenberg (Herzogin von Hohenberg) dengan panggilan Her Highness (Ihre Hoheit). Gelaran ini amat menaikkan status Sophie, tetapi keutamaannya masih di belakang semua archduchess. Ketika sesuatu majlis memerlukan kehadiran pasangan Franz Ferdinand dan Sophie, bersama-sama dengan ahli-ahli kerabat diraja yang lain, Sophie terpaksa berdiri jauh daripada suaminya, mengikut susunan pangkat.
Anak-anak
Anak-anak Franz Ferdinand ialah:
Puteri Sophie von Hohenberg (1901-1990): Berkahwin dengan Count Friedrich von Nostitz-Rieneck (1891-1973)
Maximilian, Duke Hohenberg (1902-1962): Berkahwin dengan Countess Elisabeth von Waldburg zu Wolfegg und Waldsee (1904-1993)
Putera Ernst von Hohenberg (1904-1954): Berkahwin dengan Marie-Therese Wood (1910-1985)