1988 m. rugsėjo 1 d. įkurta Vilniaus 60-oji vidurinė mokykla.
2004 m. vasario 1 d. suteiktas Aleksandro Puškino vardas. Mokykla tęsia Vilniaus Aleksandro Puškino gimnazijos, veikusios Vilniuje iki 1940 m., tradicijas.
Mokykla kasmet dalyvauja tarptautiniuose Aleksandro Puškino vardo mokyklų forumuose, kurie vyksta Maskvoje, palaiko ryšius su Aleksandro Puškino vardo mokyklomis Lietuvoje, Latvijoje, Estijoje, Rusijoje ir Europoje. Mokykloje įkurtas Aleksandro Puškino muziejus, kuris įrašytas į Lietuvos Respublikos muziejų katalogą.