Užusaliai yra priešdėlio užu- vedinys nuo lietuviško žodžio sala („iš visų pusių vandens apsuptas sausumos plotas; pakilesnis, sausas žemės plotelis liūne, raiste; ariamos žemės, dirvos plotelis tarp pievų“).[2]
Šis kaimas iš seniausių laikų buvo lietuvių gyvenamas. Minimas nuo 1744 m. 1863 m. sukilimo metu rusai sudegino sodybas, jo gyventojus ištrėmė ar išgainiojo, o jų vietoje įkurdino rusus sentikius ir pavadino gyvenvietę Aleksandrovskaja sloboda (pagal cerkvę, pavadintą Aleksandro Neviškio garbei). 1866 m. sukilėlių lėšomis rusų valdžia pastatė mūrinę stačiatikių cerkvę su keliais bokštais, įsteigė mokyklą, kuriai pastatyti erdvūs namai. XIX a. pabaigoje minimas Užusalių dvaras Kauno apskrityje.[3]
1923 m. čia buvo 70 sodybų ir 488 gyventojai. Veikė mokykla, sentikių parapija, kuriai priklausė ir kitų kaimų sentikiai. 1940 m. įkurta biblioteka.
1941 m. birželį tarybinė valdžia įkalino Užusalių šventiką, jo šeimą ištrėmė. 1940–1941 m. Užusalių rusai stipriai rėmė Lietuvą okupavusius bolševikus, o kai šie iš Lietuvos traukėsi, dalis jų pabėgo į Rusiją. Likusieji slapta (ypač 1943–1944 m.) rėmė bolševikų parašiutininkus ir partizanus. 1941 m. rugsėjo 12 d. kaiman atvyko 8 sunkvežimiai. Vokiečių ir lietuvių 2-ojo PPT bataliono kariai kartu su vietos policija apsupo kaimą ir visus gyventojus suvarė į mokyklos kiemą. Grupę kaimo gyventojų jie suvarė į kapines ir ten sušaudė, žuvo 48 žmonės.[4][5]