1997 m. gegužės 30 d. LR Švietimo ir mokslo ministerija nutarė (nutarimo Nr. 37), kad mokykloje turi būti pradėtas vykdyti gimnazijos klasių eksperimentas ir sudaryta realinė gimnazijos klasė. 2000 m. rugsėjo 1 d. gimnazijos klasės įsikuria rekonstruotame pastate J. Tumo-Vaižganto g. 10. 2001 m. gegužės 30 d. Švietimo ir mokslo ministerijos kolegijos nutarimu suteiktas gimnazijos statusas. 2000–2001 mokslo metais mokykloje veikia 12 gimnazijos klasių, yra realinis ir humanitarinis profiliai. Nuo 2001 m. rugsėjo 1 d. Tauragės rajono savivaldybės tarybos 2000 m. balandžio 4 d. nutarimu Nr. 380, Martyno Mažvydo vidurinė mokykla reorganizuota į dvi atskiras mokyklas: Tauragės gimnaziją ir M. Mažvydo pagrindinę mokyklą. 2002 m. Tauragės gimnazija pervadinama Tauragės „Versmės“ gimnazija.
2009 m. rugsėjo 15 d. gimnazija pasirašė bendradarbiavimo sutartį su Vilniaus universitetu. Tai buvo penkioliktoji gimnazija, kuriai suteiktas VU partnerės vardas.[2]
2021 m. gimnaziją baigė jubiliejinė XX laida ir 109 abiturientai.[3]
